1878 påbörjades arbeten på platsen som tidigare år varit hem för ett sågverk. James Stewart började bygga destilleriet men på grund av ekonomiska problem tog Robert Dick och William Grant över och slutförde byggnaden och startade produktionen i december 1879. Den ekonomiska situationen blev bättre; det fanns en stor efterfrågan på Whisky. År 1887 när Glenrothes och Bunnahabhain bildade Highland Distillers var den årliga produktionen av Speyside-destilleriet redan 360.000 liter och den ökade till 1.36 miljoner liter 1898 efter att 1896 hade ytterligare två stillbilder installerats.

Bränder 1897 och 1922 orsakade skador och en explosion 1903 hade nästan totalförstört destilleriet, men det reparerades alltid och byggdes upp igen. Förbud, första världskriget och Wall Street-kraschen 1929 uppnådde vad bränderna inte gjorde: produktionen gick ner och destilleriet stängdes till slut. Men inte länge och strax efter var Glenrothes tillbaka i affärer.

1963 installerades ett tredje par pannor och uppvärmningen ändrades från direkt eld till inre ånga.1979 var inte bara året då det fjärde pannparet kom, det var också året då whiskyn som skulle buteljeras när den första Glenrothes Vintage lades på fat. 1989: Femte paret pannor installeras som hjälpte till att öka produktionen till 5,6 miljoner liter.

Försäljningen av Glenrothes Vintage 1979 startade 1994 och markerade början på ett nytt område. 1999 köpte Edrington Group Highland Distillers, inklusive The Glenrothes, men sålde destilleriet till Berry Bros&Rudd 2010.