En lokal bonde, George Connell, grundade Glengoyne 1833. Området där det grundades var en grogrund för olaglig whiskydestillering, med upp till arton illegala destillationsapparater i drift. Connell grundade Glengoyne under namnet "Burnfoot Distillery". Det döptes om till Glenguin Distillery 1861 och blev sedan Glengoyne 1906, när bröderna Lang köpte platsen. Produktionen påbörjades under större delen av 1965-talet utan incidenter, fram till <> då Robertson & Baxter tog över anläggningen. Vid denna tidpunkt påbörjades en enorm ombyggnad, som bland annat innebar att antalet stillbilder ökades från två till tre. Detta är ganska ovanligt, eftersom de flesta destillerier i Skottland har lika många mäsk- och spritpannor. Under denna tid blev Glengoyne också en favorit hos den avlidna drottningmodern, vilket gav den ett "By Royal Appointment"-sigill.

Efter renoveringen återupptogs produktionen med normal framgång i det tysta. År 2001 lanseras Glengoyne Scottish Oak Finish (16 år gammal) som den första single malt som lagras på skotska ekfat. Två år senare, 2003, köpte Ian MacLeod Distillers Limited både Glengoyne och varumärket Langs från Edrington Group för 7,2 miljoner pund. Sedan Edrington Group förvärvade Glengoyne har destilleriet fortsatt att släppa nya buteljeringar som en 16-årig Shiraz-finish, två Warehousemen's Choices och nylanseringen av de 10 och 17 år gamla buteljeringarna.