William Mackenzie, en bonde från staden Carron vid Speyside, byggde destilleriet Dailuaine 1852. Dailuaine härstammar från gaeliska 'An dail uaine' som betyder 'grön dal'. Med tanke på destilleriets idylliska placering bland de milda gröna böljningarna i Spey-dalen är det lätt att förstå hur det fick namnet. Efter att William gick bort 1865 beslutade hans änka Jane att hyra ut destilleriet till James Fleming, en bankir från närliggande Aberlour. År 1879 bildade Janes son Thomas och James Fleming "Mackenzie & Company". Mellan 1884 och 1887 byggde de om och utökade destilleriet, vilket gjorde Dailuaine till ett av de största destillerierna i högländerna vid den tiden. År 1889 blev Dailuane det allra första destilleriet i Skottland som utrustades med ett "pagoda tak", ritat av Charles Doig. Många andra destillerier följde efter, inklusive Aberlour, Ardbeg och Benriach. Denna arkitektoniska pärla förlorades tragiskt 1917 efter att en brand rasade genom byggnaderna. Destilleriet tvingades stänga för att byggas om, men öppnade igen 1920. Den andra expansionen i destilleriets historia kom fyra decennier senare, 1960, då destilleriet expanderade från fyra till sex pannor.

Precis som många andra destillerier blev Dailuaine en del av industrijätten Diageo när United Distillers (UD, en division av Guinness Group) och International Distillers & Vintners (IDV, en division av Grand Metropolitan) slogs samman 1998.