Glenallachie grundades 1967 och är ett av de yngre destillerierna i Skottland. Mackinlay McPherson Limited, ett dotterbolag till Scottish & Newcastle Breweries Limited, byggde destilleriet mellan 1967 och 1968. Efter att ha startat produktionen 1968 köptes destilleriet av Invergordon Distilleries-gruppen 1985. Bara två år efter att ha förvärvat webbplatsen stängde Invergordon den. Ytterligare två år gick och 1989 köptes destilleriet av Campbell Distillers, som ägdes av industrijätten Pernod Ricard. Pernod lade till Glenallachie till "Chivas Regal"-delen av sin portfölj. Innan anläggningen öppnade igen investerade de nya ägarna i en ombyggnad och en utbyggnad av platsen, vilket ökade antalet stillbilder från två till fyra, vilket höjde produktionskapaciteten till dagens nivå.

Destilleriet har fortsatt att blomstra under Ricards ledning och blivit ett av de högst producerande destillerierna i regionen. 2005 släpptes en Cask Strength Edition från 1989. Pernod profilerade destilleriet som hem för Clan Campbell Whisky, ett varumärke som står sig än idag. Även om det har skett en ökning av mängden Single Malts som släpps, är Glenallachie i hög grad fortfarande ett industriellt produktionsorienterat destilleri.